iTRAQ技术原理： 

iTRAQ试剂为可与氨基酸N端及赖氨酸侧链连接的胺标记同重元素(isobaric)。在质谱图中，任何一种iTRAQ试剂标记的不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比。
在串联质谱中，信号离子表现为不同质荷比(114～117)的峰，因此，根据波峰的高度及面积，可以得到蛋白质的定量信息。 

iTRAQ试剂结构：

iTRAQ试剂是一种小分子同重元素化学物质，包括三部分：

一端是报告部分 reporter group；
另一端是肽反应部分 peptide reactive group；
中间部分是平衡部分 balance group。

其中： reporter group：质量为114Da、115 Da、116 Da、117 Da，因此iTRAQ试剂共四种。
• peptide reactive group：将reporter group与肽N端及赖氨酸侧链连接，几乎可以标记样本中所有蛋白质。
• balance group：质量为31 Da、30 Da、29 Da、28 Da，使得四种iTRAQ试剂分子量均为145 Da，保证iTRAQ标记的同一肽段m/z相同。
图1 iTRAQ 试剂结构
 
综上：
    4个来源不同的相同蛋白样品在一级质谱上表现相同；
    Balance group在二级质谱发生中性丢失；
    Reporter group 在二级质谱产生４个报告离子，分别是114、115、116和117；

操作流程：

iTRAQ技术主要特点：

1.分离能力强、分析范围广
2.定性分析结果可靠，可以同时给出每一个组分的分子量和丰富的结构信息
3.MS具备高灵敏度、检测限低
4.分析时间快，分离效果好
5.自动化程度高
6.iTRAQ技术不仅可发现胞浆蛋白，还有膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白7.iTRAQ技术可检测出低丰度蛋白、强碱性蛋白、小于10KD或大于200KD的蛋白